1、肛周脓肿或肛瘘基本上存在内口，内口与直肠相通，肠腔内的各种细菌及肠黏液时常进入内口，造成原发病灶继续存在，使瘘管长期处于慢性炎症之中。
2、肠腔中的粪便、肠黏液和气体进入瘘管后使管壁组织增生变厚，形成纤维化管壁，管壁不能自行闭合且瘘管弯曲或走行于括约肌之间被括约肌的压力所压迫导致瘘管引流不畅。
3、个别患者会在盆底肛提肌以上存在瘘道，这种肛瘘由于被人体的外括约肌紧紧压迫，瘘管深藏，引流更加不畅，自愈的可能性更加微乎其微。
4、肛瘘外口狭小，阻碍瘘管的引流，当再次感染时会形成瘘管感染化脓，新的脓肿可能从原外口溃破也可能从其他的地方再次溃破，只要内口、瘘管、外口没有被完全敞开，坏死组织就不会被液化，也就不会自行愈合。
5、整个瘘管无论长短，简单或复杂，由于瘘道两端内口、外口平时处于“关闭”状态，瘘管内相对缺氧，再加上管壁阻碍了血液循环，造成整个瘘管的代谢障碍，所以当然不能自愈了。
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